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Le lac Malawi compte plus de 450 espèces de cichlidé divisés en deux groupes principaux, les mbunas, inféodés aux zones rocheuses, et les haplos, qui eux résident dans les zones sableuses et pélagiques. Les Pseudotropheus appartiennent au groupe des mbunas et sont proches, entre autre, des genres Cyathochromis, Cynotilapia, Genyochromis, Gephyrochromis, Labeotropheus, Labidochromis, Maylandia, Melanochromis, Tropheops et Petrotilapia.  Ils font partie de la sous-famille des Pseudocrenilabrinae.

La communauté aquariophile a toujours été particulièrement intéressée par les cichlidés des grands lacs africains. Des espèces étaient importées chez certains passionnés avant même qu'elles ne soient officiellement décrites. Il est probable que le fort intérêt développé pour les Pseudotropheus, et plus globalement pour les mbunas, ait eu des répercussions sur les avancées scientifiques réalisées.

La plupart de ces cichlidés de petite taille vivent dans les zones rocheuses du lac, parfois dans des aires très localisées. Quelques espèces sont présentes en zones sableuses et ont un mode de vie lié à la présence d'escargot. Toutes les espèces sont endémiques au lac Malawi, en Afrique de l'Est. En termes de comportement, ces poissons protègent leur progéniture et sont territoriaux. Certaines espèces sont connues pour leur forte agressivité en période de reproduction. En anglais, ces dernières sont parfois appelées les Pseudotropheus "Agressive".

Certaines espèces sont exclusivement carnivores, d'autres herbivores et plusieurs sont omnivores. Une partie d'entre elles a également développé un régime alimentaire hyper spécialisé. Certaines sont spécialisées dans la chasse aux escargots, au moins une espèce est détritivore et se nourrit de parasites d'autres espèces.

En 2019, on compte 16 ou 17 espèces de Pseudotropheus selon Fishbase (l'une des espèces recensées pourrait être un synonyme). Des recherches sont toujours en cours pour finaliser une taxonomie rendue compliquée par la grande diversité de mbunas. Le genre des Pseudotropheus a longtemps compté un grand nombre d'espèces et a posé des complications à la communauté scientifique. Il a été longtemps un sujet de discorde. En 1984, le trop grand nombre d'espèces a mené à une crise et des travaux ont été entrepris par plusieurs ichtyologues.

Ainsi, le complexe des Pseudotropheus tropheops a été déplacé dans le genre Tropheops. Dans les années 1990, deux groupes de scientifiques ont travaillé sur la réorganisation du complexe du Pseudotropheus zebra, ce qui a donné naissance aux genres Maylandia et Metriaclima. Cependant, seul le genre Maylandia est considéré comme valide car les travaux relatifs à ce nouveau genre ont été réalisés et validés en amont de ceux menant à la création du genre Metriaclima.

Selon l'IUCN, sur les 16 ou 17 espèces recensées, l'une est en danger critique d'extinction, l'une est en danger, et 5 sont classées comme "Quasiment Menacées", dont l'espèce type du genre, P. williamsi. Toujours selon l'IUCN, la principale menace à ce jour est la pêche non durable pratiquée pour le commerce aquariophile. Certaines espèces de poisson ayant des aires de répartition très limitées, les populations peuvent facilement se retrouvées fragmentées ou appauvries. Sous un certain seuil, les populations ne sont plus capables de se développer et finissent par être remplacées par des concurrents vivant dans les mêmes niches écologiques.